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无知比博学经常更带给人自信：那些肯定地断言这个或那个问题永远不可能被科学解决的人，恰恰是那些所知甚少的人，而不是学识渊博的人。 查尔斯·达尔文《人的进化》导言（1871年）
诗人、画家、革命者威廉·布莱克用“牛顿之眠”来比喻牛顿物理学观察事物角度犹如井底之蛙，以及牛顿自己从神秘主义的（不彻底）脱离。布莱克认为原子和光粒子的想法是可笑的，牛顿对人类的影响就像“魔鬼”一般。对科学更一般性的批评是科学太狭隘了。由于我们被充分证明的易谬性，在严肃的论述之外，科学拒绝考虑法庭、不同程度令人振奋的想象、游戏式的概念、真诚的神秘主义和使人目瞪口呆的奇迹。没有客观证据，科学不承认精神、灵魂、天使、魔鬼、释迦牟尼的法体，以及天外来客。
美国心理学家查尔斯·塔特认为超感觉存在的证据是令人信服的，他写到：
导致目前流行的‘新时代’思想的重要因素之一，是反对科学主义非人性化。非精神化的影响，即我们除了是物质实体外什么都不是的哲学信念（他们打着客观科学的旗号，顽固坚持再生的基督教原教旨主义）。不加思索地支持打着“精神”、“心灵”或“新时代”旗号的任何事物当然是极其愚蠢的，因为这些思想中的大多数，不论多么崇高或鼓舞人心，事实上都是错误的。
另一方面，“新时代”思想的益处在于对人类本性的某些现实合理的认知：人类已经，而且会继续体验那些看似‘精神’或‘心灵’的东西。
为什么“心灵”体验总是向我们的物质观念挑战，而与其它观念没有冲突呢？毋庸置疑，物质（和能量）存在于日常世界中，这样的证据比比皆是。相反，正如我前面所提到的，非物质的“精神”或“灵魂”存在的证据却非常值得怀疑。当然，我们每一个人都有丰富的内心世界。但是，考虑到物质世界是惊人的复杂，我们如何能证明我们的内心生活不全部来自于物质世界？不错，关于人类意识的许多问题，我们并没有充分理解，也不能用神经生理学来解释。人类的能力有限，科学家比其他人更清楚地懂得这一点。但是，几代人之前，自然界许多被认为是神秘莫测的现象，都已经通过物理学和化学的手段被彻底理解了。至少今天的一些神秘现象也会被我们的后代彻底揭示。比如说，我们现在还不能通过大脑化学来给出意识状态的变化的详细解释，这并不意味着“精神世界”的存在是非物质的奇迹。正如我们懂得趋光性和植物荷尔蒙以前，将向日葵总是朝着太阳当做是确确实实的奇迹存在的证据一样。
如果这个世界并不完全和我们的意愿一致，这是科学之错吗？还是那些将自己意愿强加于此世界的人的过错？所有的哺乳动物，以及许多其他动物，体验着情感：如恐惧、欲望、希望、痛苦、爱、憎恶，以及被引导的需要。人类可能对未来思考得更多些，但并没有什么感情是人类所独有的。另一方面，没有其他物种像人类一样探求科学，如何能说科学“使人失掉人性”呢？
这个世界看似如此不公平：有些人尚未出襁褓就饱受饥饿而夭折；而另一些人仅是由于出身的原因，过着富足华丽的生活。一个人可能生在被凌辱的家庭或被咒骂的种族，或天生有某种残疾，一辈子在命运的作弄中生活，直至死亡。这就是生命的结局吗？仅仅是一场无梦、永无尽头的睡眠吗？公正何在？这是惨淡、残酷而无情的。难道我们不应该在公平的竞技场上有第二次机会吗？如果不管前生命运如何与我们作对，我们来生的出身取决于我们前生努力的程度，那该多好啊。或者，如果我们死后存在一次审判：——只要我们扮演好这一生所注定的角色，为人谦卑、诚实等等——作为奖赏，我们将在摆脱了这个世界的痛苦和动乱的永久避难所中愉快地生活，直到时间的尽头。如果这个世界是经过考虑、事先设计好的，而且是公平的，它就会是这个样子。如果承受痛苦和磨难的人将得到他们应得的安慰，它就会是这个样子。
所以，那些引导人们满足于现在的生活状况，期望死后有所回报的社会，倾向于灌输给人们安于现状、反对变革的思想。更有甚者，对死亡的的恐惧，在某种程度上本来是生存斗争和进化中的一种适应，在战争中反而变得不适应。那些宣扬英雄（或者甚至是那些仅仅是按照权威的吩咐行事的人）来生会得到极大幸福的文化，可能会赢得一些竞争性的优势。
因此，死后精神永存的思想和关于来生的概念，宗教和国家兜售起它们来，应该是不费吹灰之力的。在这个问题上，我们不能期望存在广泛的怀疑主义。尽管几乎毫无证据，人们仍然愿意去相信它们。不错，大脑损伤会使我们丧失大部分记忆，可以将我们由癫狂变得平静，或由平静变成癫狂；大脑化学的改变会使我们相信有一个针对我们的大规模的阴谋，或者使我们认为听到了上帝的福音。但是，尽管这提供了像我们的个性、特征、记忆（如果你愿意，可以将灵魂包括在内）根源于大脑的物质之中一样强有力的证据，不重视这一证据，回避这一证据的可信度是很容易的。
如果由一个强劲有力的社会制度坚持来生的存在，那么持异议者人数很少并且保持沉默、遭到憎恶是不足为奇的。一些东正教、基督教、新时代教派和柏拉图主义者，坚持说世界是非现实的，苦难、死亡和物质本身都是幻觉，除了“思想”之外，没有什么东西真的存在。与此相反，盛行的科学观点认为思想是我们感知大脑活动的方式，即思想是大脑中无数个神经连结的一种性质。
从60年代起，兴起了一种奇怪的学术观点，认为所有的观点与幻觉一样具有同样的武断性，正确性和谬误性。由于文学批评、宗教、美学和大部分哲学、伦理学不能像欧几里德几何学的定理那样被证明，也不能用实验来验证，科学家们长期以来一直认为以上人文学科仅仅是主观看法。也许，这种观点的目的在于试图扭转在科学家们的论争中所处的劣势吧。
对那些期望每件事都成为可能的人来说，他们的现实是不受限制的。他们感觉，人们想象和欲望的要求要多于科学教给人们所能理性地确信的相对少的东西。许多“新时代”的宗师（女演员雪利·麦克莱恩就是其一）走得如此之远，以至于信奉唯我论，断言唯一的实在是他们自己的思想。实际上，他们常这么说，“我即上帝”。“我真的认为我们在创造现实的一切”，一次，麦克莱恩告诉一个怀疑论者，“我认为我正在创造面前的你”。
如果我梦到与死去的父母或子女相会，谁能告诉我它并没“真正”发生？如果我感觉我自己漂浮在太空，俯瞰地球，也许这也是真的。不能分享这些体验的科学家们，谁又能告诉我这些都只是在我的头脑中发生的？如果我的宗教告诉我，宇宙年龄只有几千年是上帝的不可更改、正确无误的断言，那么当时的科学家宣称宇宙有几十亿年历史时他们就是错误的，冒犯神灵的，不虔诚的。
令人恼火的是，科学断言为我们能做什么，甚至根据什么原理来做，划定了界限。谁说我们不能超越光速？他们以前也说过无法超越声速，不是吗？如果我们真的拥有了强有力的仪器，谁能阻止我们同时测定电子的位置和动量？如果我们非常聪明，我们为什么不能制造出“第一类”永动机呢？（即能量不必守衡，输出的能量比供给的能量更多。）或者制造出“第二类”永动机呢？谁胆敢对人类的发明天才划定界限？
事实上，自然界制定了界限。在这样一些无法实现的行为中，蕴藏着关于宇宙如何运转的相当完备而又非常简单的自然规律。显然，伪科学和迷信企图说明自然界不存在限制。他们扬言，“一切事物都是可能的”，他们承诺了一个无限的产出，但他们的支持者只会感到失望和被愚弄。
另外一个对科学相关的指责是科学太简单化，太“还原主义”；科学天真地以为宇宙最终的解释只是几个自然规律（也许是非常简单的几个），它们就能解释任何东西。整个世界的精细微妙之处，雪的晶体，蛛网的格子构架，旋涡星系，人类洞察力的火花，最终都能还原为这些规律。还原主义似乎对斑驳复杂的宇宙不够尊重，它显得就像一个傲慢与懒惰的奇怪的产物。
对伊萨克·牛顿（他在科学批评者眼中，正是还原主义的化身）而言，宇宙就像钟表一样。行星围绕太阳，月球围绕地球按照其规则的、可预测的轨道运动，和我们司空见惯的钟摆摆动和弹簧振荡的运动一样，都可以从本质上用完全相同的微分方程精确地描述出来。现在有一种倾向，认为我们处于高贵的优越的地位，而怜悯可怜的牛顿学派只能看到那么狭窄的范围。但在某些合理的约束下，描述钟表工作的简谐方程，确实描述了整个宇宙中天体的运动。这是一个深刻的、而非肤浅的对应。
当然，太阳系中并不存在齿轮，万有引力的‘钟表’各部分的部件互不冲突。一般而言，行星的运动比钟摆和弹簧复杂得多。钟表模型在某些环境中不再成立：经过一个漫长的时期后，来自遥远天体的引力（对少数轨道的影响可能看起来微乎其微）逐渐形成，一些小天体可能出乎意料地偏离了原来的轨道。但是，摆钟也存在一些类似于混饨运动的现象，如果我们将摆球过度偏离垂直位置，随之而来的将是紊乱怪异的运动。太阳系比任何机械钟能更好地保持时间，而设置时间的思想，恰恰就来自于观察到的太阳和恒星的运动。
令人惊讶的是，无论对钟表还是行星，相似的数学原理都能完美地应用。其实大可不必惊讶，我们又没有把它强加给宇宙。这不过是宇宙运行的方式。如果这被称为“还原主义”的话，那就算是吧。
直至20世纪中期，在神学家、哲学家和许多生物学家中间，流行这样一个强烈的信仰——生命无法“还原”为物理和化学定律，而是存在一种“生命力”、一个“生命原理”、一种“道”、一种使生物能生存的“玛那”。它“激活”了生命。不可能想象仅靠原子或分子，就能解释活生生的生命所具有的复杂和精美，以及形式与功能的和谐。因而，宗教应运而生了：上帝或众神使无生命的东西具有生息和灵魂。18世纪化学家约瑟夫·普里斯特烈试图找到“生命力”，他称量了一只耗子活着和死去时的质量。毫无疑问，两次称量的结果完全相同。所有这类尝试都以失败而告终。如果确有灵魂物质存在，显然它没有质量，——也就是说，它并不是由物质组成的。
然而，即使是生物唯物主义者也对此持有保留意见；也许，就算植物、动物、真菌和微生物是没有灵魂的，理解生命仍需要尚未发现的科学原理。例如，英国生理学家J·S·哈丁（J·B·S·Hardin之父）在1932年提出这样的疑问：。电子书下载
关于生命如何从疾病和损伤中得以恢复，生命的机械论能给出什么合理的解释吗？一点也没有，就像与此紧密相关的繁殖现象一样，这些现象太复杂、太奇怪，我们还不能了解它们，不论我