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至最终取消农业税。
2004年，国务院开始在全国降低农业税的税率，还选择了黑龙江、吉林两省进行全部免除农业税的试点，并取消除烟叶外的农业特产税，同时对种粮农民实行直接补贴、对部分地区农民进行良种补贴和购置农机具的补贴。“两减免、三补贴”的政策，使农民直接得到实惠450亿元。2005年，又全面取消牧业税，同时加快降低农业税税率的步伐，并鼓励有条件的省市区自主进行免征农业税的试点。当年上半年，已有27个省区市决定全部免征农业税，另外4个省市区中的多数县市免除了农业税。正式取消农业税，已是水到渠成。12月29日，十届全国人大常委会第十九次会议决定，从2006年1月1日起，正式废止《中华人民共和国农业税条例》。2000—2005年，通过减免农业税，农民人均减负1250元。在此期间，为了确保农民负担得到明显减轻且不反弹，确保乡镇结构和村级组织正常运转和确保农村义务教育经费正常需要，中央财政共安排农村税费改革转移支付资金1830亿元。
农业税的取消，终结了中国历史上存在两千多年的“皇粮国税”，是国民收入分配格局的一次历史性变革，给亿万农民带来了看得见的物质利益，极大地调动了农民积极性，又一次解放了农村生产力，也带动了农村生产关系和上层建筑某些环节的调整。
在农村改革中，上层建筑方面的改革相对滞后，与经济基础不相适应的矛盾日益突出。主要是两个问题，一是基层行政管理体制不适应农村生产力发展的要求。在市场经济条件下，按照公共行政的原则，乡镇政府应该履行哪些职责，如何有效地发挥作用，已经成为一个重大课题。二是农村公共产品供给体制不适应保障公共服务的要求。农村税费改革之后，公共财政如何有效覆盖农村，是一个迫切需要研究解决的问题。
2006年9月1日至2日，国务院召开全国农村综合改革工作会议，部署农村综合改革工作。会议指出，农村综合改革的目标是，按照巩固农村税费改革成果和完善社会主义市场经济体制的要求，推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度、政府保障的农村义务教育体制，促进农民减负增收和农村公益事业发展，全面推动社会主义新农村建设。会议强调，有条件的地方要在全省范围内开展试点，暂不具备条件的省份要进一步扩大市、县试点范围，力争5年期间或更长一点时间基本完成乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革的任务。10月8日，国务院下发《关于做好农村综合改革工作有关问题的通知》，要求各地按照中央的部署积极推进农村综合改革。
农村综合改革不仅涉及经济领域的改革，而且涉及政治、社会、文化等领域的改革，是一次重大的制度创新和社会变革。进行农村综合改革，其意义是深远的。其一，有利于切实解决农村税费改革的一些遗留问题，消除加重农民负担的体制性因素，从制度上防止农民负担反弹；其二，有利于调整完善农村生产关系和上层建筑，进一步解放和发展农村生产力；其三，有利于调整国民收入分配结构，扩大公共财政覆盖农村范围，促进城乡资源的合理配置；其四，有利于转变基层政府职能，加强农村社会管理，搞好农村公共服务，健全乡村治理结构，建立农村工作新机制。
三、粮食流通体制改革取得重要进展
1998年以后，各地区、各部门按照中共中央、国务院的部署，积极稳妥地推进以市场为取向的粮食流通体制改革。然而，粮食流通中还存在一系列问题需要解决，如按保护价敞开收购农民余粮的政策没有得到完全落实，种粮农民的利益不能得到有效保障；部分地区粮食省长负责制尚未得到落实；部分产区的粮食风险基金没有及时到位；国家储备粮的规模、结构和管理方式还不能完全适应宏观调控的需要；国有粮食购销企业改革滞后，特别是“三老”（老人、老粮、老账）问题没有得到彻底解决，粮食收购市场没有完全放开。与此同时，2001年我国加入世界贸易组织，在新的国际贸易环境下，上述问题需要及早解决。
2000年2月，国务院办公厅发布《关于部分粮食品种退出保护价收购范围有关问题的通知》，调整了保护价收购范围，放开了部分地区部分粮食品种的收购价格。
2001年7月31日，国务院下发《关于进一步深化粮食流通体制改革的意见》，提出当前粮食流通体制改革的重点是，充分发挥粮食产区和销区的各自优势，粮食主销区要加快粮食购销市场化改革，放开粮食价格，粮食价格由市场供求形成。《意见》特别强调东南沿海的浙江、上海、福建、广东、海南、江苏和北京、天津等地区完全可以放开粮食收购，粮食价格由市场调节。由此，新一轮的粮改正式启动。粮食主销区实现粮食购销市场化，是此时深化粮食流通体制改革的重点。
2003年10月，国务院召开农业和粮食工作会议，国务院总理温家宝指出，要继续推进粮食流通体制改革。重点放在保护粮食主产区和农民种粮积极性上，把通过流通环节的间接补贴改为对农民的直接补贴。明年从粮食风险基金中拿出一部分，主要用于补贴粮食主产区的种粮农民。没有放开粮食市场的地区，今年秋粮收购要继续实行按保护价敞开收购农民余粮的政策。在放开粮食收购市场的同时，要加强政府的宏观调控和管理。
2004年中央1号文件指出，从2004年开始，国家将全面放开粮食收购和销售市场，实行购销多渠道经营。当年5月23日，国务院再次下发《关于进一步深化粮食流通体制改革的意见》，对粮改进行全面部署，明确了深化粮食流通体制改革的总体目标、原则和步骤，提出了“放开购销市场，直接补贴粮农，转换企业机制，维护市场秩序，加强宏观调控”的基本思路和主要任务。《意见》决定从2004年开始，全面放开粮食收购市场，在国家宏观调控下，充分发挥市场机制在配置粮食资源中的基础性作用，实现粮食购销市场化和市场主体多元化。
6月4日，国务院正式公布《粮食流通管理条例》。《条例》体现了三个原则，一是既要放开粮食市场，又要维护正常的粮食流通秩序；二是既要鼓励多种所有制市场主体从事粮食经营活动，又要发挥国有粮食购销企业在粮食流通中的主渠道作用；三是既要发挥市场机制的作用，又要加强和改善宏观调控，保障国家粮食安全。
此后，各地区、各部门按照中央部署，积极稳妥地推进粮食流通体制改革，放开粮食购销市场，发挥国有粮食企业的主渠道作用，加强和改善粮食宏观调控，取得了明显成效。新的粮食流通体制基本框架初步确立，国有粮食企业改革稳步推进，粮食流通秩序逐步规范，粮食产销合作得到加强，为促进粮食生产发展、保护种粮农民利益、保障国家粮食安全发挥了重要作用。
随着粮食流通体制改革的推进，也出现了一些新的情况和问题，主要是国有粮食购销企业改革进展不够平衡，促进粮食稳定增产和农民持续增收的有效机制尚未建立，粮食宏观调控和流通监管体制有待健全。国家又制定了新的政策措施，将改革进一步推向深入。
目前，我国粮食流通体制改革已经基本完成，农民的种粮收益基本能得到有效保证，国家的宏观调控能力显著增强，调控机制已经比较完善，财政负担基本能够适应。当然，我国粮食流通体制仍有待进一步完善，在进一步保护农民的种粮积极性、规范粮食市场以及提高利用国际、国内两种资源和市场的能力等方面，还要付出更大的努力。
四、着力解决进城务工农民问题的重要决策
农民工是我国改革开放和工业化、城镇化进程中涌现的一支新型劳动大军，他们广泛分布在国民经济的各个行业，为城市繁荣、农村发展和国家现代化建设作出了重要贡献。农民外出务工，一头连着城市和发达地区，一头连着农村和落后地区，为改变城乡二元结构、解决“三农”问题闯出了一条新路，是工业带动农业、城市带动农村、发达地区带动落后地区的有效形式。到2006年初，全国进城务工和在乡镇企业就业的农民工总数超过2亿，其中进城务工人员1。2亿左右。我国正处在工业化、城镇化加快发展的阶段，将有越来越多的农村富余劳动力逐渐转移到非农产业和城镇中来，大量农民工在城乡之间流动就业在我国将长期存在。
中共中央、国务院高度重视农民工问题，制定了一系列保障农民工权益和改善农民工就业环境的政策措施，各地区、各部门做了大量工作，取得了明显成效。但从现实情况看，农民工在工资收入、劳动安全、社会保障、培训就业、子女上学、生活居住等方面存在诸多困难，经济、政治、文化权益得不到有效保障。这些问题引发了不少社会矛盾和纠纷，也引起了社会各方面的广泛关注。解决好农民工问题，是统筹城乡发展、解决“三农”问题的迫切需要，是维护社会公平正义、保持社会和谐稳定的必然要求，也是推进中国特色的工业化、城镇化、现代化健康发展的战略任务。
2006年1月31日，国务院下发《关于解决农民工问题的若干意见》，阐述了解决农民工问题的重要性和紧迫性，明确了做好农民工工作的指导思想、基本原则和政策措施。《意见》提出了做好农民工工作的指导思想，最主要的是“三个坚持”和“三个建立”。“三个坚持”，即坚持解放思想，实事求是，与时俱进；坚持从我国国情出发，统筹城乡发展；坚持以人为本，认真解决涉及农民工利益的问题。“三个建立”，即逐步建立城乡统一的劳动力市场和公平竞争的就业制度，建立保障农民工合法权益的政策体系和执法监督机制，建立惠及农民工的城乡公共服务体制和制度。《意见》提出做好农民工工作的基本原则是：公平对待、一视同仁，强化服务、完善管理，统筹规划、合理引导，因地制宜、分类指导，立足当前、着眼长远。在这40个字中，最重要的是公平对待、合理引导。公平对待，就是要对进城农民工与城市职工同等看待，使他们享有平等待遇和权益。这是坚持以人为本、促进社会公平和正义的具体体现。合理引导，就是要坚持“两条腿走路”的方针，既要积极引导农民进城务工，又要大力发展乡镇企业和县域经济，着力扩大农村劳动力在当地转移就业。这样，才能确保农村劳动力的合理流动，防止大量农民工盲目涌进城市特别是大城市。
《关于解决农民工问题的若干意见》是解决农民工问题的重要指导性文件，是统筹城乡发展、解决“三农”问题的又一重大举措，对于切实保障广大农民工的合法权益，进一步改善农民工的就业环境，引导农村富余劳动力合理有序转移，推动社会主义新农村建设和中国特色的工业化、城镇化、现代化健康发展，具有重大的意义。据农业部统计，截至2006年底，我国已经转移农村劳动力1。8亿人，比上年增长5。5％，已转移劳动力占农村劳动力的