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改革开放以后，家庭联产承包责任制的实施改变了农业微观经济组织形式，形成了以农户、集体、国家等为主体的多元投入结构。
1979年到1985年，党和政府实施了一系列措施来适度减少农业资金外流，改变社会资金分配格局。1979年，中共十一届四中全会通过的《中共中央关于加快农业发展若干问题的决定》强调，全党必须集中主要精力把农业尽快搞上去。规定不允许无偿调用和占有生产队的劳力、资金、产品和物资。要求增加财政农业投入，从1979年起三五年内，国家对农业的投资在整个基本建设投资中所占的比重，要逐步提高到18％左右，农业事业费和支援社队的支出在国家总支出中所占的比重，要逐步提高到8％左右。地方财政收入应主要用于农业和农用工业。
80年代初期，在“分灶吃饭”的体制框架下，中央对地方实行各种形式的财政包干体制，使得中央财政收入相对减少，中央财政收入占国家财政收入的比重也随之下降。加上提高农产品收购价格，而销售价格不变，由此引起的价格倒挂由财政负担，导致财政补贴急剧增长，国家财政不堪重负，制约了国家财政对农业的投入。国家在这一时期，鼓励集体、农民积极参与对农村农业的投入。1984年中央1号文件进一步要求，地区性合作组织应当把工作重点转移到组织为农户服务的工作上来。要依靠国家、集体和个人的力量，采取多种办法集资，兴建商品流通所需的冷库、仓库、交通、通信等基础设施。国家和地方财政对此要作出适当的安排。凡属商品流通基础设施，谁举办、谁经营、谁得益，国家在税收上给予照顾和优惠。
“六五”时期国家农业投入的下降导致农业基础设施建设欠账越来越多，不少水利设施老化失修，带病运行，削弱了农业的抗灾能力，成为提高农业综合生产能力的最大障碍，从而影响了农业的稳定发展。1985年农业生产出现滑坡后，政府对农业投入问题高度重视，及时调整了农业投入政策，采取了一系列措施，使农业投入继续下降的趋势得到遏制，农业投入水平有了一定程度的提高。《中共中央、国务院关于1986年农村工作的部署》进一步认识到，我国是10亿人口、8亿农民的大国，绝不能由于农业情况有了好转就放松农业，也不能因为农业基础建设周期长、见效慢而忽视对农业的投资。对于农村建设所需资金，一方面国家增加农业投资，同时主要靠农村自身的积累。从1989年起，逐步建立农业发展基金，由各级财政纳入预算，列收列支，专款专用。农业发展基金的建立和外资进入农业领域，为农业投入所需资金开辟了新来源。
从实际运行情况看，这一时期国家加大了农业投入的力度，国家财政支农支出年均增长率为14。58％，大大高于1978—1985年间年均0。28％的水平。农业支出占财政支出的比重由1985年的7。66％增加到1991年的10。26％，为20世纪80年代以来最高。国家投入的增加使农业综合生产能力得到提高。
1991年11月，中共十三届八中全会通过《中共中央关于进一步加强农业和农村工作的决定》。《决定》强调，要建立农业投入的投资体系。这之后，逐步形成了国家投入主要用于治理大江大河大湖的骨干工程、农业重点基础设施和商品粮棉基地等建设，农业生产投入和以农田水利为中心的基本建设，主要依靠集体和农民，特别是靠农民的劳动积累的格局。
为了保证农业投入的稳定增长，国家在农业投入的制度上也进行了一些安排。1993年7月，八届全国人大二次会议通过的《中华人民共和国农业法》规定，国家财政每年对农业总投入的增长幅度应当高于国家财政经常性收入的增长幅度。随着《农业法》的颁布，农业投入在一定意义上有了法律保障。1995年3月，《中共中央、国务院关于做好1995年农业和农村工作的意见》指出，近年来，一些地方农业投资减少，资金到位率低，甚至截留中央财政补贴，挪用上级拨付的农业资金和银行放贷的农产品收购资金，这是不允许的。各地都要按照《农业法》的规定，大幅度增加农业投入。
随着1994年分税制财政体制的建立、税制改革顺利实施，我国中央财政实力不断增强。1995年以后，中央对农业投入的重视程度空前提高，政策措施的力度较之以往明显加大，而且政策执行效果也有改观，农业投入总量稳定增长，没有出现20世纪90年代以来财政农业支出占财政总支出的比重不断下降的趋势。
1998年，中央作出了农业和农村经济发展进入新阶段的重大判断，并由此作出了对农业农村经济结构进行战略性调整的重大决策，农业投入发生了新的变化。其中最为主要的是要切实减轻农民的负担，进行农村税费改革试点，农民从事农业除交纳农业税和农业附加外，不再承担其他任何税费。2000年3月2日，中共中央、国务院发出《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，探索建立规范的农村税费制度和从根本上减轻农民负担的办法。农村税费改革试点减负的效果明显，受到广大农民的欢迎。在试点的基础上，2002年4月，国务院办公厅发出《关于做好2002年扩大农村税费改革试点工作的通知》，决定进一步扩大农村税费制度改革试点范围，并增加财政转移支付力度，以推动农村税费改革的开展。
进入新世纪新阶段，中央对农村和农业的扶持和投入力度进一步加大。2002年12月，中央政治局召开会议，强调要把农业、农村、农民问题作为全党工作的重中之重。2005年，中央农村工作会议就加大对农村财政投入提出三项明确指标：国家财政支农资金增量要高于上年，国债和预算内资金用于农村建设的比重要高于上年，其中直接用于改善农村生产生活条件的资金要高于上年。中共十六届五中全会在提出建设社会主义新农村时，第一次把扩大公共财政覆盖农村范围作为政策的导向性要求提了出来。随后，公共财政覆盖农村的政策相继出台，促进了财政支农资金的持续增加。2001—2005年，中央财政用于“三农”的投入为11300多亿元。2006年和2007年支出总量分别达到3397亿元和4318亿元。
二、提高农产品收购价格，构建价格保护制度
为了缩小工农业产品交换的差价，1979年，中共十一届四中全会通过的《中共中央关于加快农业发展若干问题的决定》指出，粮食统购价格从1979年夏粮上市的时候起提高20％，超购部分在这个基础上再加价50％，棉花、油料、糖料、畜产品、水产品、林产品等农副产品的收购价格也要分别情况，逐步作相应的提高。农业机械化肥、农药等农资用品的出厂价格和销售价格，在降低成本的基础上，在1979年和1980年降低10％—15％，把降低成本的好处基本上给农民。国家通过提高农产品价格，降低农资用品价格，从而间接地使大量资金留在农村，用于农业生产。1979年的这次农产品提价，结束了连续12年粮食收购价格没动的局面。以后又多次提价，到1986年，全国农产品收购价格总指数比1978年提高了77。5％，平均每年递增7。4％。1994年和1996年，国家两次大幅度提高农产品价格，到1998年，我国主要农产品的收购价格已接近市场水平，农村工业品零售价格的增幅大大低于农产品收购价格的提高幅度，工农产品交换比价逐步调整，国家与农民的利益关系得到初步改善。同时，国家通过构建价格保护制度，调动农民的种粮积极性，保护了农民的利益。1993年颁布的《中华人民共和国农业法》，用法律的形式规定对粮食及其他有关国计民生的重要农产品进行价格保护。1996年，随着保护价水平的大幅提高，国家开始真正按粮食保护价敞开收购农民余粮。2004年开始，随着粮食市场的全面放开，国家出台了稻谷和小麦最低收购价政策，在部分主产区进行托市收购，引导农民多种粮、种好粮。
三、发展农村金融和保险，拓宽农业支持保护渠道
为满足农业农村经济【“文】繁荣发展【“人】对农村金融【“书】组织提出的【“屋】越来越迫切的需求，国家一方面不断深化农业银行、农村信用合作社、农业发展银行以及邮政储蓄等农村金融服务机构改革，另一方面，积极鼓励支持多种形式的民间金融服务探索和创新。
在农村改革取得突破并向前推进的过程中，农村金融机构的改革也提上日程。1979年，《中共中央关于加快农业发展若干问题的决定》明确规定，对农业的贷款，从1979年起到1985年，要比过去增加一倍以上。国家要有计划地发放专项低息或微息贷款。为了适应发展农村信贷事业的需要，中国农业银行应当积极做好农村的信贷工作。1983年1月，中央印发《当前农村经济政策的若干问题》强调，加快农村建设，必须广辟资金来源。农业银行和信用社应改善服务态度，在聚集资金、办理信贷、监督资金的使用方面发挥应有的作用。信用社应坚持合作金融组织的性质。1984年的中央1号文件进一步要求，农村存款要优先用于农村，多存可以多贷。
为了使金融机构在农业信贷投入中更好地发挥自身的作用，1996年8月，国务院颁布《关于农村金融体制改革的决定》。此后，我国农村金融体制进行了一系列重大改革。首先是农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系，其次是对农村信用社进行规范管理，把农村信用社办成农民入股、社员民主管理、主要为入股社员服务的真正的合作金融组织。1997年6月，国务院决定在中国人民银行内设农村合作金融监督管理局，将农村信用社改革、行业管理和监管三项职责都归由中国人民银行一身兼任。通过这些措施，使农村金融机构在农业的发展中日益发挥更重要的作用。
进入新世纪新阶段，中央强调要进一步改革和创新农村金融体制。2003年6月，《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》启动了农村信用社的产权制度和管理体制改革。到2007年年底，农村信用社整体账面利润实现扭亏为盈并持续增长。农村信用社支农服务能力和水平明显增强，开始逐步成为服务农民、农村和农业经济的社区性地方金融企业。
在改革原有金融机构的同时，国家通过积极引导和扶持建立新型农村金融机构为农村金融供给开辟了新渠道。2006年12月21日，银监会印发《中国银行业监督管理委员会关于调整放宽农村地区银行业金融机构准入政策更好支持社会主义新农村建设的若干意见》，按照“低门槛、严监管”的原则，调整放宽农村地区银行业金融机构准入政策。截至2007年12月31日，已有31家新型农村金融机构开业。这些新型农村金融机构的成立，建立了农村金融供给新渠道，增强了农村金融机构新活力，提升了农村金融服务新水平。
进入新时期，农业保险的发展逐步改变了农业靠天吃饭的局面。20世纪80年代，我国就开始恢复试办农业保险。为了应对农业中的风险，积极发展农村保险事业，并扩大险种范围，鼓励农民和集体投保。但一直缺乏适用的法律、法规和资金支持。2007年中央1