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所以必然要分别地研究行星、动物，特别是人的本性，目的是为了我们以后能够发现其他对人有用的各门科学。所以哲学作为一个整体，像是一棵树，它的根是形而上学，它的干是物理学，它的那些由这个干发展而来的枝是全部其它科学。它们又归结为三门主要的学科，即医学、机械学和伦理学——我是指最高最完善的道德科学，它以其它各门科学的全部知识作为前提，是智慧的最高等级。〃笛卡尔的人类知识之树是由形而上学、物理学和其它有益于人生的科学组成。笛卡尔认为，果实不在树干，而在其枝端，哲学的功用体现在各门具体科学之中。在医学、机械学和伦理学的枝端上结的是人类幸福之果：医学直接为了恢复和保护人的身体和健康，机械学是为了减轻和解放人类的体力，而伦理学则是使人的精神安宁和幸福。一切学问都直接或间接地为了人。
哲学的目的就是人，人的幸福。笛卡尔对完成他的这一伟大事业矢志不渝，充满信心，决心只要一息尚存就将不遗余力，留给世人一套完整的哲学。笛卡尔的哲学欲兼容人类的全部知识。它不但包括形而上学（即我们说的哲学），而且还包含物理学（即科学哲学），及实验科学，例如：天文、地理、物理、化学、生物、生理、心理学等。视形而上学为根，物理学为干，由此干上生出三个分枝，即医学、机械学、伦理学。他认为哲学家不应该斤斤计较于形而上学或物理学的研究，而重心应当在医学、机械学及伦理学上多下功夫。所以一位哲学家，如果在医学、机械学、伦理学上有成就，才不枉为哲学家。笛卡尔深信，人能凭借哲学突破自然的约束，延长人的寿命抵达幸福的境界。虽然如此，树根还是很重要的、基本的，它是树存在之根本。没有根，树干与果子都不能够生存。形而上学对哲学的关系就是这种关系。所以必须先找寻出一种无可置疑的形而上原则，才可能有物理学，而后有医学、机械学与伦理学。笛卡尔认为，有史以来还不曾有哲学家知道这么做。虽然他们之中有不少才智出众之士，但若不是为了操之过急，失诸妄断，就是固步自封，执拗己见，结果总是一无所成。有的奉成见为圭臬；有的随波逐流，没有定见，似乎只要求赞成的人数，不管赞成的人是否门外汉，大众的意见就足够成为真理的条件；有的迷信权威，以某某人说过视为金科玉律，不得怀疑。所以目前的任务就是要赶快建立一个健全的、全新的哲学基础。这门令人羡慕的科学要消除中世纪的不确实的科学，使科学具有和数学一样的确实性。笛卡尔要把数学的确实性推广到一切科学中去，使得不仅几何学和代数是能够统一的，而且一切科学都能够统一。这就要设计出一个使各门科学统一起来的方法，为整个哲学体系寻找一个确实的基础。
从1619年11月开始，笛卡尔就以数学为借鉴，设计他的方法论规则，并利用这些规则去研究各种科学问题。他说：〃我还继续练习运用我所规划的那种方法，因为我除了按照这些规则小心地对我的一切思想作普遍的引导外，还不时留下一点时间，特别用来解决数学上的一些难题，有时也用来解决一些别的科学上的难题，我可以把问题弄得几乎和数学问题一模一样，使它们脱离其它科学中一切我发现不够坚实的原理。〃经过9年的实验和总结，笛卡尔写成了《指导心灵的规则》一书，基本上体现了笛卡尔的方法论思想，该书和后来的著作《方法导论》在内容上基本上是一致的。他的方法使人们〃能够得到一些能在生活中非常有用的知识，找到代替学校中讲授的思辨哲学的实践哲学，借助这种哲学，我们就能通晓火、水、空气、星晨、天空和周围一切物体的力量和作用，正像我们知道我们的手工业者有多少行业那样清楚，我们就能够准确地把它们作各种各样的应用，从而成为自然的主人和拥有者〃。因而笛卡尔的方法能够成为指导科学前进的航标。1928年11月，在巴黎罗马教皇特使的住所举行了一次会议，各界名流都前往参加，笛卡尔也应邀参加了会议并发表了演讲。他用严密的论证驳斥了科学可以建立在或然性上的观点，指出科学只能建立在确实性的基础上。他认为，根据他的方法原则，任何真理都能够被清楚地证明。他的方法能使人们看到提出来的那个命题是不是或然的，因为用这个方法人们就能得到和代数的规则所提供的同样的知识和确实性。笛卡尔的思想得到大多数人的赞同和支持，尤其是红衣教主贝律尔对之更加感兴趣，并敦促笛卡尔去从事这一伟大的工作——发展他的哲学体系。
建立哲学体系，是笛卡尔多年的愿望，而贝律尔的支持和敦促加强了笛卡尔实现这一愿望的决心。笛卡尔回忆道：〃正是在8年前（即1628年），这个愿望使我决心离开一切可能有熟人的地方，而隐居到像这样一个国家〃，这个国家就是荷兰。从1628年底以后的20多年，笛卡尔就一直在从事着他的哲学制作。
三、笛卡尔的方法论体系
士林哲学没落之日，近代科学主义崛起之时，学者们对中古哲学的系统普遍地失去了信心，甚至于有许多人对哲学是否可能成立及绝对真理是否存在亦投以怀疑的眼光。然而笛卡尔并不如此，他始终对哲学的价值推崇备至，他说：〃哲学一词，意思是研究智慧。我们所指的不但是待人接物的明智，而且也指人所能认识的事物的完备知识，有益于指导人生，维持健康及发明技术。〃他还相信哲学的存在乃是一个明显的事实。这一点可以从他的著作，尤其是方法论里可以看出来。笛卡尔并不认为以往的哲学都是假的，他只是想找一个把握真理的稳当且准确的方法。他不在发明真理，而在整理真理，使真理成为一个明显扎实的系统。为此，他创立了一套理性主义的方法，形成了较完整的科学方法论，并运用这套方法来建立他自己的哲学体系。
（一）方法论的起点
普遍怀疑的方法是笛卡尔方法论的起点。因为笛卡尔觉得，他从幼年开始就把一大堆错误的见解当作真的接受下来，这些知识以及据此形成的一些见解都是靠不住的，非常可疑的。学校的教育只能加重他的烦闷，求学除了越来越觉得自己无知外，没有什么其它的进步。笛卡尔认为，应该〃认真地、自由地来对我的全部旧见解进行一次总的清算〃。〃如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就非在我有生之日认真地把我历来信以为真的一切见解统统清除出去，再从根本上重新开始不可〃。
笛卡尔的普遍怀疑是方法论上的怀疑，它不同于怀疑论者以怀疑为目的而走向虚无主义，它是以发现真理，得到确实的知识为目的的。因为在我们原来所接受到的一切知识中，有些是真的，有些是假的；有的确实程度高，有的确实程度低。而它们又如此紧密地纠缠在一起，从而使我们在头脑中形成了许多偏见，把这些东西都信以为真，阻碍了我们对于真理的认识。任何一个想要发现真理的人，在一生中至少要进行一次普遍的怀疑。对于这种普遍的怀疑，笛卡尔作了两个形象的比喻：一是把它比作建造大厦，为了找到坚实的基础，先把〃浮土和沙子排除掉，以便找出岩石或粘土来〃。二是把这种怀疑比作挑选烂苹果，如果一个人有一篮子苹果，〃他害怕其中有些是不新鲜的，想把它们拿出来，以免弄坏其余的苹果。他能如何着手呢？他是否会首先把篮子倒空，而后把苹果一个一个地检查一遍，把那些他看到没烂的苹果挑起来，重新装回篮子里，而把其余的扔掉呢？这就同这样一些人的情况完全一样，这些人从前没有很好地研究过哲学，他们在自己的头脑中保留着从前就开始积累的各种各样的看法。当他们很有道理地确信这些看法的大多数不符合真理时，他们便试图把一些看法同别的看法区别开来，因为他们害怕把这两类看法混淆在一起使得全部看法不可靠。为了不犯错误，岂不最好还是一下子把它们全部抛掉，不管它们当中哪些是真理，哪些是谬误，而后再对他们逐一加以研究，只保留其中那些被认为是真理的和无可怀疑的东西。〃普遍怀疑是发现真理的一种方法。
但是，笛卡尔对真理的存在毫不怀疑，问题在于用什么方法去获得真理。对此他认为，除了必须抛弃前此操之过急、妄自独断、固执己见等弊病之外，还应有一个真理的标准，用以判别真假。因此，笛卡尔又有一个信念，即良知的存在。他认为良知在实际的生活中等于明智，而在理论的生活中则等于理智。人人都有良知，而且基本上平等，但是为何直到今天，人们仍不能用良知来建立共同的形上学呢？按照笛卡尔的看法，这并不是由于彼此的良知不同，而是彼此在应用良知上的情形不同，或者说是应用的方法不同，或者是应用的对象不同。〃一切科学，就其整体来说，和人的智慧等同。它通常是单一的而且是同一的，但是如果应用到不同的事物上，反应也就自然不同。犹如阳光照耀在各种物体上，我们便看到各种不同的花色明暗。这个理智等同的信念就成为他的方法根据。〃笛卡尔深信在所有的知识中，数学最具资格被称为真正的科学。它具有真正科学的条件和达到真理的方法，所以他要借助数学的形式作为一切知识的形式。同时，数学方法也是普遍知识的方法，〃那一长串连贯的推理极其简单容易，几何学者常习惯应用它们以获得难证明的事理使我联想，凡在人的能力所能认识的范围内，都有同样的情况，只要你不把任何不是真的当作真的，并遵守演绎程序由一事理推到另一事理，那么就绝不会有遥不可接、隐不可明的事理。所以应当在数学中寻求理智活动的法则。科学只有一种，因而方法也只有一个，数学方法也是其它科学的方法，这种方法是真切而简易的规则总汇。任何人都能应用，并且十分方便，只要你仔细遵守，决不会把假的当作真的，日将月就，知识便会不期然地逐渐增加而得到理智所能知道的最高知识。〃
数学上所应用的基本方法有两种：一是直观；一是演绎。推演真理的程序是由定义、公理而达到结论。直观是理智最单纯的基本活动，是心灵的直接洞悉，它能供给我们坚定不摇的绝对真理。譬如：每个人洞悉自己存在的事实；思想存在的事实；三角形只有三边以及球形只有一个表面的事实。只要我们应用心灵之眼观看这些事实，立刻就有明显的感受，心灵便具有这些事实的明显观念。这些观念即为单纯的观念。在研究任何问题的过程中，我们通常遇到这类单纯的观念。一切难题的解答必须借助他们。演绎也是理智的活动，但是和直观不同，它们不是理智的单纯活动，必须先假定了某些真理（或定义）之后，凭借这些定义推出一些结论。譬如：我们知道了三角形的定义和定理之后，可以推出一个三角形内角的总和等于两直角之和。所以直观的功用是在于提供科学和哲学的最新原则。而演绎则是应用这些原则来建立一些定理和命题。也就是说，直观是发明的基本原则，演绎是导